Wenn eine Innotour-Förderung für ein Projekt gewährt wird, kontrolliert das SECO regelmässig den Verlauf der unterstützten Projekte anhand der Berichterstattung der Projektträger. Je nach Dauer und Umfang des Projekts sind zusätzlich zum Abschlussbericht ein oder mehrere Zwischenberichte zu erstellen. Während des Prüfverfahrens können ergänzende Dokumente oder Belege angefordert werden (z.B. Rechnungsbelege). Diese sind für die abschliessende Überprüfung der Berichterstattung und der Einhaltung der in der Verfügung festgehaltenen Auflagen erforderlich.
2019 wurde bei Innotour ein Audit durchgeführt. Dabei wurden mehrere Empfehlungen formuliert, unter anderem die Einführung einer risikobasierten Dokumentenkontrolle. Im Rahmen von angekündigten Besuchen werden nun zufällige Überprüfungen bei den Gesuchstellern durchgeführt. Nach einer Liste von risikobasierten Kriterien werden pro Jahr zwei Projekte für eine Prüfung vor Ort ausgewählt. Zudem werden bei zwei Projekten stichprobenartig Belege eingefordert. Die Zwischen- und Abschlusszahlungen werden dann aufgrund dieser Kontrollen gewährt.
