Der Bundesrat hat am 15. März 2024 das WBF mit der Ausarbeitung einer Vernehmlassungsvorlage für eine Reform der Wettbewerbsbehörden beauftragt. Das Sekretariat soll Untersuchungen künftig konsequent ohne Einbezug der WEKO durchführen, um deren Unabhängigkeit zu stärken. Die WEKO selbst soll von 11–15 auf 5–7 Mitglieder verkleinert und die Pensen der Mitglieder nach Möglichkeit erhöht werden. Zusätzlich wird das WBF prüfen, ob die Einsetzung eines Verfahrensbeauftragten die WEKO entlasten kann, damit sich diese stärker auf inhaltliche Fragen konzentrieren kann. Schliesslich soll das Sekretariat der WEKO verpflichtet werden, beschuldigten Unternehmen nach Abschluss wesentlicher Ermittlungen vorläufige Beweisergebnisse, erhobene Vorwürfe und geplante Rechtsfolgen mitzuteilen. Der Bundesrat plant auch, das Beschwerdeverfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht (BVGer) zu stärken, indem (nebenamtliche) Fachrichterinnen und Fachrichter in Kartellrechtsfällen eingesetzt werden. Dies soll Verfahren beschleunigen und die ökonomische Expertise des BVGer stärken. Bei umfangreichen Verfügungen der WEKO sollen zudem die Beschwerdefristen für Parteien gelockert werden.
Mit diesen Vorschlägen folgt der Bundesrat weitgehend den Empfehlungen einer Expertenkommission unter dem Vorsitz von alt Bundesrichter Hansjörg Seiler. Diese wurde am 1. Mai 2023 vom WBF eingesetzt. Sie hat bis November 2023 verschiedene Reformoptionen geprüft und hierzu breite Kreise angehört. Eine noch stärkere Trennung zwischen der WEKO und ihrem Sekretariat hat sie verworfen, weil dies mit einer erheblichen Verlängerung der Verfahren einherginge. Ein Gerichtsmodell mit einer Abschaffung der WEKO wäre hingegen wenig systemkonform und mit hohen Umstellungskosten verbunden. Nach Ansicht der Expertenkommission können die immer wieder geäusserten Kritikpunkte (eine unzureichende Trennung zwischen der WEKO und ihrem Sekretariat sowie die lange Verfahrensdauer vor dem BVGer) innerhalb des bestehenden Systems adressiert werden. Ein Systemwechsel ist demnach nicht angezeigt.