Lorsqu’une aide financière pour un projet Innotour est allouée, le déroulement des projets soutenus est régulièrement contrôlé par le SECO sur la base de comptes rendus établis par les porteurs de projet. Selon la durée et l'ampleur des projets, un ou plusieurs rapports intermédiaires sont rédigés, en plus d’un bilan final. Lors du processus de vérification, des documents ou des justificatifs complémentaires peuvent être demandés (par exemple, des justificatifs de facture) afin de servir à la vérification finale des rapports et des conditions prévues dans la décision.
En 2019, un audit d’Innotour a été réalisé. Plusieurs recommandations ont été formulées, parmi lesquelles l’introduction d’un contrôle des documents axé sur les risques. Désormais, des vérifications aléatoires auprès des demandeurs de subvention sont effectuées dans le cadre de visites annoncées. Selon une liste de critères axés sur les risques, deux projets par année sont sélectionnés pour un examen qui sera réalisé sur place. En outre, des justificatifs sont demandés de manière aléatoire pour deux projets. Les versements intermédiaires et finaux sont ensuite effectués sur la base de ces contrôles.
