Quando viene concesso un aiuto finanziario per un progetto Innotour, lo stato di avanzamento è costante mente monitorato dalla SECO sulla base dei rapporti redatti dai promotori. A seconda della durata e della portata dei progetti, oltre a un bilancio finale, vengono stilati uno o più rapporti intermedi. Durante il processo di verifica, possono essere richiesti ulteriori documenti o giustificativi (p. es. ricevute e fatture) da utilizzare per il controllo finale dei rapporti e delle condizioni previste nella decisione.
Nel 2019 è stato eseguito un audit presso Innotour durante il quale sono state formulate diverse raccomandazioni, tra cui l’introduzione di una verifica dei documenti basata sui rischi. D’ora in poi, le verifiche casuali su coloro che richiedono i sussidi (richiedenti) saranno effettuate nell’ambito di visite annunciate. Secondo un elenco di criteri basati sui rischi, saranno selezionati due progetti all’anno per un esame che sarà eseguito in loco. Inoltre, sono richiesti campioni casuali per due progetti. I versamenti intermedi e finali delle sovvenzioni saranno effettuati sulla base dei risultati di tali controlli.